Maconomyn alkuperä juontuu Per Tejs Knudsenin, Philip Damin ja Ulrik Joerringin vuonna 1983 perustamaan PPU Software A/S- nimisen yhtiöön.
Vuosina 1984-1989 mainitut kolme yrittäjää työskentelivät intohimoisesti kehittämässä teknologiaa, joka loi perustan tulevalle kasvulle. PPU Software A/S kehitti ja markkinoi business sovelluksen Hewlett-Packard HP3000 minitietokoneelle. Vuonna 1989 kaikki toiminnot koottiin PPU Software A/S:n tytäryhtiöön, jonka kärjessä oli Per Tejs Knudsen toimitusjohtajana.
1990-luvulla yhtiö kehitti järjestelmiin internet-tuen ilman että sen täytyi uusia tuotearkkitehtuuriaan. Vuonna 1998 PPU Software A/S julkisti ensimmäiset internet-perusteiset ratkaisunsa, mukaan lukien verkkokaupan ja Java-perusteisen työajan seurantajärjestelmän.
Maconomyn markkinasegmentin kasvaessa jatkuvasti yhtiö päätti vuonna 2000 listaustua pörssiin. Kansainvälisten osakemarkkinoiden vakavista turbulensseista huolimatta Maconomy pystyi onnistuneesti suorittamaan listautumisannin, mikä tarjosi perustan yhtiön tulevalle kasvulle.
Bent Larsen, joka toimi hallituksen puheenjohtajana yli vuosikymmenen, nimitettiin toimitusjohtajaksi vuonna 2002. Samalla julkistettiin kasvustrategia. Strategia edellytti lisääntyvää keskittymistä ydinasiakassegmenteille, joilta Maconomy oli koonnut yli 15 vuoden erikoisosaamisen.
Kesäkuussa 2005 Hugo Dorph palkattiin uudeksi Maconomyn toimitusjohtajaksi. Hänen päätavoitteensa oli käynnistää uusi kasvun aikakausi. Kasvettuaan kauttaaltaan merkittävästi ensimmäisen kasvuvaiheen aikana vuodesta 2006 vuoteen 2008, Hugo Dorph ja johtoryhmä julkistivat kolmen vuoden kasvusuunnitelman, joka auttaa Maconomyn saamaan Euroopan johtajuuden palvelualojen yrityksille suunnattujen ERP-toimittajien joukossa.